A história gira em torno de um homem chamado Train Heartnet, que saiu de um grupo de élite de assassinos chamado Toki no Bannin para se tornar um Sweeper.

Nesse mundo há uma organização secreta, Chronos, que controla um terço do mundo através do submundo, controlando todo tipo de actividades. Para manter o equilíbrio do mundo, Chronos é essencial, e por isso é preciso pessoas que protejam a Chronos. Além das pessoas normais há uma elite especial de assassinos com armas feitas de Orichalco conhecidas como Chrono Numbers.

Chrono Numbers tem seus números gravados no corpo do usuário e na arma. Existem 12 Chrono Numbers, mas quando Train Heartnet, um atirador de elite, decide se juntar a Chronos e suas causa, o número XIII é encontrado. Ninguém que foi alvo de Train, conhecido como Black Cat, por trazer má sorte, e seus rápidos movimentos e ataques, conseguiu sobreviver. O nome Black Cat se tornou o nome mais temido entre os assassinos.

Devido ao trauma de infância de Train, seu único objetivo é ser o melhor. Porém aconteceu algo inesperado que causou a sua derrota : o seu próximo alvo estava carregando uma criança no colo. A fração de segundo que ele perdeu pensando sobre isso lhe cusou muitos ferimentos sérios. Ele foi levado para casa e tratado por Minatsuki Saya, que também era um sweeper. Através de seu contato com Saya, Trains mudou drasticamente, uma mudança que o fez abandonar a Chronos. Mas um homem que o admirava obsessivamente, Creed Diskenth, não aceitou o fato de um assassino de elite ter mudado. Creed tentou matar Saya quando Train não estava por perto, mas Train chegou a ver a cena, mas não conseguiu pegar Creed.

Dois anos depois, Trains vira um sweeper, viajando com seu parceiro Sven Vollfied. Suas vidas como sweeper estão para ser mudadas quando um amigo do passado volta a aparecer.